De origem bastante remota, S. Miguel de Gondufe aparece mencionada como freguesia, pela primeira vez, nas Inquirições de 1290.
Cabeça do antigo couto do mesmo nome, os seus senhores eram, desde 1134, os arcebispos de Santiago de Compostela. A Casa de Bragança viria a adquirir o Couto e o seu senhorio no ano de 1426.
Nunca lhe foi outorgado foral próprio, beneficiando, porém, do de S. Martinho, dado pelo rei D. Manuel, em Lisboa, em 2 de Junho de 1515.
Gondufe constituiu, durante quatro séculos, um pequeno concelho com câmara própria governada por um juiz ordinário, que também servia nos órfãos, um vereador, um procurador do concelho, eleição trienal do povo por pelouro, a que presidia o ouvidor de Barcelos, meirinho e dois tabeliães.
Com a extinção dos coutos, Gondufe viria a ser anexada ao concelho de Ponte de Lima, juntamente com os de Bertiandos, Correlhã, Souto e Feitosa, a requerimento do município perante a Câmara dos Deputados, em sessão de 3 de Dezembro de 1834.